电商企业的印花税需要根据其实际提供的业务来确认计算方式，如果电商企业主要是购销业务，则按购销业务合计金额的万分之三缴纳，如果主要是提供其他的服务，比如保险服务，运输服务等，也是按对应的税率来计算。